在6月16日早上开始的为期三天的世贸组织公共研讨会（由世贸组织秘书处举办）上，世贸组织不透明的决策体制，以及引起争议的发达国家推动新议题谈判在坎昆部长级会议上启动的作法，成了争论的焦点。
在主题为"通往坎昆之路的挑战"的研讨会开幕时，世贸组织总干事素帕猜·潘蒂奇帕克迪说，尽管许多议题的最终期限已过，建设性的讨论仍将继续。但他警告说，如果我们不能在这些议题上达成谅解，"在坎昆，部长们将有一个难以处理的任务"。
在研讨会开幕式上，大家提出了世贸组织部长级会议决策过程缺乏透明度和非共享的问题。素帕猜回答说，他正在设法找到使所有世贸组织成员国都能参与决策的方法。
他表示，他和世贸组织总理事会主席，卡洛斯·佩雷兹·戴尔·凯思蒂勒大使，"都非常重视借鉴前几次部长级会议的经验，我们愿意与各成员国一起，找到使各国都能参与决策的最好的解决办法。使各国都能参与决策，是我们全部的目的。"
素帕猜接着说，我们应该避免这样一种局面，即，各成员国几乎没有回旋的余地，或几乎没有时间对草案做出反应。与此相反，情况应该是，各国都能适当地做出反应。
在早先的质询时间，来自"聚焦南半球组织"艾琳·克瓦表示，世贸组织不应该通过一个不公平的过程，将各种规则强加给发展中国家。她说，印度商业部长麦兰先生曾经抱怨，在多哈部长级会议上，草案的文本直到最后时刻才拿出来让各代表团考虑。她认为，任何在最后一刻才将草案强加给成员的体制，都不可能是公平的体制。
克瓦接着说，尽管已有15个发展中国家要求世贸组织采用更明确的程序，但实际上在过去的几个月里，已经召开了更多的小型部长会议。在谈判中，以主席的文本为谈判的基础，而不是成员国的文本，这一现象已呈扩散之势。这与国际组织的程序不相符合。她说，主席应该推动谈判，而不是支配谈判。她还问道，我们能否在世贸组织中，期望获得与民主组织的精神相应的透明度。
第三世界网络的许国平表示，尽管发达国家在多哈宣言中花言巧语，世贸组织还是未能考虑发展问题，其原因就在于非共享决策过程的继续。特别在部长级会议期间和预备过程中，来自发展中国家的部长们、官员们、大使们和外交官们，没有机会参与决策，。
讨论小组发言人，乔治市大学教授约翰·杰克逊说，"'绿室过程'已经停止"。许国平的观点与他不同。许国平认为，多哈部长级会议就运用过"绿室过程"。在多哈部长级会议上，发达国家以不透明的方式炮制了决议草案。发展中国家抱怨说他们的观点没有在草案中得到反映。会议最后一个晚上安排了一个仅有几个代表参加的深夜会议。在事先未与成员国商议的情况下，他们就做出了扩展会议内容的决定。
他接着说，许多发展中国家提出建议，要求世贸组织采纳有关部长级会议应该如何运作的规则和程序。他们的建议令人震惊，因为它暴露了世贸组织甚至不实行最基本的原则。例如，在决议草案中包括不同成员国的立场；如果召集会议，应该通知所有的部长和代表团；任何扩展会议内容的决议应该由所有成员国共同做出。即便是这样一个，要求世贸组织遵守被普遍接受的规范的建议，也遭到了发达国家的拒绝。
他说，这样一种对程序和规则的漠视，对自诩为"以多边规则为基础"的世贸组织而言，是一个莫大的讽刺。只要世贸组织不对其决策体制加以改革，它的合法性就会受到公众的质疑，大家也将继续把批评
的矛头对准它。
素帕猜作了回答以后，杰克逊也回答了关于在部长级会议上实行更好的规则的问题。他说，"我认为，146位部长不可能一起做每一件事情。应该有一个更加有效的过程，必须把工作分开。"他建议，把国家分成若干个组，各组的代表可以会见秘书处助理，并更好地利用网站向各代表团提供信息。
在早些时候的公开演讲中，素帕猜说，从现在到坎昆会议开始，只剩下53个工作日了。尽管他以前曾对"即将来临的僵局"发出过警告，素帕猜说，"我们已经避免了最坏的情况，虽然关键的最终期限已经错过，建设性的讨论仍在继续。"
他表示，"降低期望不会使结果更容易达到"。高级官员和部长们的努力以及大家所提出的富有抱负的建议，很令人鼓舞。
但他警告说，基本问题仍然存在。在《与贸易有关的知识产权》、医疗卫生、农业、非农业市场准入、执行问题、服务
和发展问题上错过期限，这是一个已经让我们付出代价的挫折。各国未能在这些议题上达成协议，已经耽搁了坎昆会议的准备工作。"如果各国不能在这些问题上达成谅解，部长们在坎昆将有一个难以处理的任务"。
一些与会者对新议题和谈判的愿望和结果进行了争论。这些新议题和谈判正是发达国家力求在坎昆会议上谈判的问题。
讨论小组成员，WWF国际总干事，克劳德·马丁博士表示，世贸组织不能接纳所有的议题。"把世贸组织看成是谈判一系列新议题的场所，是搞错了方向。"世贸组织并没有专家来处理所提议的新议题。
马丁表示，"投资议题就是这样一个应该从世贸组织议程中去掉的新议题"。他接着说，授权外国投资者进入本国设立公司，或者否认东道国有控制外国投资的能力，是实现可持续发展目标的障碍。
他说，世贸组织投资协议的建议，只是失败了的经济合作和发展组织的多边投资协议的打了折扣的版本。这样一个协议将破坏发展中国家的发展机会，影响其主权的完整性。
他总结说，世贸组织有机会使用贸易政策推动可持续发展。世贸组织的可信性就在于它能解决现有的问题，而不是在它能够处理其核心问题之前，转而为新议题忙碌。
来自布鲁塞尔欧共体的代表说："新议题谈判的目的仅仅是为了开放市场，这是一个迷思。"他说："跨国公司的权力太大，而国家的权力又太小，这种现象已引起大家的深切关注。世贸组织的竞争规则应该平衡这种明显的失衡。"
有人认为，所提议的世贸组织投资协议，将与失败了的经济合作与发展组织的多边投资协议有相同的命运。来自德国工业部门的代表，不同意这一观点。他认为，欧共体的建议旨在控制扭曲贸易的津贴，反对腐败，所以应该得到支持。
来自圣基茨和尼维斯的外交官，谢莉·凯德特，同意WWF关于新议题的分析，并表示，应该把投资议题从多哈议程中去掉。她提议，应该"无限期推迟"拟在坎昆做出的启动投资议题谈判的决定。
她批评了正在世贸组织讨论的、降低发展中国家工业品关税的提议。她说，在她的国家，几乎有一半的国家收入来自税收。任何降低进口税的协议，都将造成诸如社会不安之类的严重后果。另外，自由化已经使本国公司失去市场份额，而且，进口增长正在超过出口增长，这使得贸易余额状况进一步恶化。
法国非政府组织"团结"的贾克斯·贝特劳，批评了欧洲和美国的农产品倾销。他认为，由于世贸组织对倾销的定义存在缺陷，世贸组织规则允许这种作法。他说，在农业协议中，把国内补贴以绿箱、蓝箱和黄箱分类的体制，是一出闹剧。欧共体和美国利用这出闹剧，以永久性地向发展中国家倾销农产品。他接着说，欧共体计划通过所谓补贴与生产脱钩的方法，对农业进行改革。这也是在胡闹，是一个法律和政治谎言，这将使倾销不断继续下去。
小组讨论成员，美国乔治市大学教授约翰·杰克逊说，在世贸组织是什么，和世贸组织应该是什么的问题上，各国有不同意见。他提出了这样一个问题：世贸组织是各国政府讨论问题，并立足于长远利益解决问题的场所呢？还是一个为新问题制定新规则的规章制定机构，以平衡各国政府达到选举人目标的需要，同时获得国际协调--因为各国政府不能处理全球化带来的问题。
杰克逊说，由于绿室过程已经停止，就存在着一个内部管理的问题，或者说怎样管理世贸组织的问题。什么样的决策过程可以取代绿室过程，可以有透明度，可以培养各代表团的能力，提高他们的知识基础。尽管他支持世贸组织中一致同意的规则，杰克逊说，一些国家把它"作为砝码"的做法却不明智。因此，世贸组织应该修改一致同意的规则。
来自"巴基斯坦行动援助组织"和巴基斯坦世贸组织观察团的阿富泰布先生说，如果世贸组织不能产生发展中国家可执行的协议，其达成共识的实践就没什么用处。例如，乌拉圭回合产生了一致同意的农业协议，但是现在，发展中国家的贫穷的农民，正面临这一协议产生的严重问题。他接着说，多哈计划是否成功，不在于它是经一致同意达成的，而在于它是一个什么样的协议。